Gli antichi romani la chiamavano "Ustica" (da ustum, "bruciato"), mentre presso i greci era nota come "Osteodes, Οστε?δες", "ossario" per i resti di mercenari che vi sarebbero morti per fame e sete. 

	Da alcuni viene ritenuta la dimora della maga Circe, citata nell'Odissea, che trasformava gli incauti visitatori in maiali.

	Gli insediamenti umani risalgono al Paleolitico; alcuni scavi archeologici hanno portato alla luce i resti di un antico villaggio cristiano. Sepolture, cunicoli e una gran quantità di reperti archeologici ritrovati anche sott'acqua, a causa dei tanti naufragi avvenuti nel tempo, testimoniano una presenza costante, nel luogo, di vari antichi popoli mediterranei, Fenici, Greci, Cartaginesi e Romani che vi lasciarono vestigia dappertutto. In seguito divenne base dei pirati saraceni e lo rimase per lunghissimo tempo.